分居三年后并不能自动离婚，需要按照法定程序进行。根据《民法典》相关规定，双方应签订书面协议并到婚姻登记机关办理，或者通过法院提起离婚诉讼。即使分居三年，也不能直接视为自动离婚。
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分居三年不会自动离婚，处理方式包括协议和诉讼两种。若双方已就财产、子女等问题达成一致意见且自愿离婚，可选择协议离婚；若一方不同意或有争议，则需通过法院进行诉讼离婚，由法院根据夫妻感情状况进行调解或判决。
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分居三年后不会自动解除婚姻关系，需要依法处理。如双方协商一致，可签订离婚协议并前往婚姻登记机关办理离婚手续；若协商无果或一方不同意，可向法院提起离婚诉讼，法院将根据夫妻感情是否确已破裂进行调解或判决。