关于违章建筑的认定，主要由县级以上城乡规划部门进行。他们会依据《城乡规划法》的相关规定，针对未取得或违反建设工程规划许可证的建筑进行判断和处理。一旦被认定为违章建筑，该部门会责令停止建设，并根据情况采取相应的处罚措施。
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对于违章建筑的处理方式，通常包括责令停止建设、限期改正、拆除或没收等。具体选择哪种方式，会根据违章的程度、是否有可能进行改正以及对规划的影响程度等因素进行综合考虑和判断。