不合理。依据《合同法》，违约金数额应由双方约定，未约定的应按实际损失确定，房东仅退1000元可能不符合你的实际损失。若不及时处理，可能影响你的权益保护及后续租房安排。
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法律角度常见处理方式为协商或诉讼。优先尝试与房东协商，协商不成可考虑提起民事诉讼，依据《合同法》维护自身权益。
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分情况处理如下：1.若合同有约定，按约定处理；2.若无约定，先评估实际损失，再与房东协商；3.协商不成，可寻求法律援助或提起诉讼。