员工辞职后被扣工资是不合法的。《中华人民共和国劳动法》明确规定，雇主不得无故克扣员工的工资。遭遇此类情况，劳动者有权申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益不受侵犯。
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员工辞职后被扣工资，可以选择通过劳动仲裁或寻求法律援助的方式解决。在选择处理方式时，应综合考虑个人情况、证据充分性以及时间成本等因素。劳动仲裁通常是一个更高效的选择，特别是在证据充分、争议相对较小的情况下。
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员工辞职后被扣工资是非法的。若遇到被扣工资的情况，可以采取以下措施：首先，收集相关证据，如工资条、离职证明等；其次，向劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，要求返还被非法扣除的工资；最后，如果对劳动仲裁的结果不满意，还可以选择向法院提起诉讼。